蜜蠟和琥珀之所以有那幺多種天然色彩，是受不少其他各種因素的影響。它們的原因各不相同，幾千萬年前還是樹脂時，是源自松柏科樹木的屬種；分沁方式，內部結構，成分和所含琥珀酸(SUCCINICACID又稱為於二酸）等各異。
老早挖掘出來的蜜蠟和琥珀，由於長期和空氣接觸，受到了更多的氧化，色彩也會變的更深，例如有些品種因氧化時間較為悠久，由紅變成深紅。
波羅的海形成琥珀的地層中，有很多是屬於藍土層的，含酸化鐵，石灰，硃砂等物質，故大多數琥珀變成金黃，桔黃，棕色，藍色和赤色。
上古時代，樹脂埋入的地層深淺各異，所接受的地熱和壓力便有着差異，加上自身的結實疏鬆程度與氣泡的含量多少各不相同，致使外在化學元素的進入質量也不一樣。
地層的色沁甚多，像古玉埋在地下日久，摩氏硬度到達六度也相同受沁；何況是通常蜜蠟和琥珀摩爾硬度低至二度至三度！地層一些化學物質隨水銀和地水的活動，滲進蜜蠟和琥珀中，便影響蜜蠟色彩的改變。
若是蜜蠟和琥珀內總的裂綹較多的話，便更易吸收外來物質，發生光線的折射效果。例如進入石灰（含炭酸）或氧化鈦，可使琥璃變藍，進入硫或硫化物，就簡單變綠，一起帶有熒光。有些硫酸鈾滲進蜜蠟中，也會使之變綠，並且使比重增至一點一二以上。
它們數千萬年來，長期遭到水浸土蝕，受緩慢天然地熱所影響，或氣候驟冷等要素影響。受地熱愈久，色彩愈深，故老蜜蠟和老琥珀隨時間發展而逐漸變深色。現在的新天然蜜蠟，缺少深色的風化層，大都顏色比較淺。
地層的土質、濕度、酸鹼度和所含的化學成分，對琥珀和蜜蠟色彩的構成影響很大。例如羅馬尼亞構成琥珀的地層，有好幾個不同地質年紀，除了影響琥珀的石化程度之外，有些是腐殖土(HUMUS，又稱為黑泥)較多的，含硫磺酸，使琥珀的色彩變深，像變成咖啡色，乃至外層變成近乎黑色或墨綠色。
有些早期從地層沖刷到海中的漂浮海珀，持久浸於海水中，色彩變成很透明的金黃（金珀）和細膩的透水綠（非常清淡和極透明的嫩綠），皆為極品。
在加勒比海的多米尼加，由於有些土層構成時間不是很長久，故大多數琥珀的色彩昏暗和質地較脆，但小部分地層含硫量或含炭酸的量較多，故也有形成珍稀的綠珀和藍珀。
